في التاسع من أبريل (نيسان) 2013، أعلن أبو بكر البغدادي اندماج تنظيمه في العراق بجبهة النصرة التي تقاتل النظام في سوريا، ليتشكل تنظيم داعش في العراق والشام.
إلا أن جبهة النصرة رفضت زعامة البغدادي، وبايعت تنظيم القاعدة.
في العاشر من يونيو (حزيران) 2014، دخل مئات المسلحين من تنظيم داعش في العراق والشام بشكل خاص مدينة الموصل، وسيطروا أيضاً على قسم كبير من محافظة نينوى في شمال العراق، كما سيطروا على قطاعات واسعة من محافظتي كركوك وصلاح الدين القريبتين. وفي الكثير من المواقع، تخلت قوات الأمن العراقية عن مواقعها من دون قتال.
واستفاد تنظيم داعش من دعم ضباط عراقيين سابقين من عهد صدام حسين، ومن مجموعات سلفية وعدد من العشائر، وكان يسيطر منذ يناير (كانون الثاني) 2014 على الفلوجة ومناطق من محافظة الأنبار في غرب العراق المجاورة لمحافظة نينوى.
"الخلافة" المزعومة
في التاسع والعشرين من يونيو (حزيران)، أعلن التنظيم بقيادة البغدادي إقامة "الخلافة" على الأراضي التي يسيطر عليها في العراق وسوريا، وغيّر اسمه إلى "الدولة الإسلامية".
في الخامس من يوليو (تموز)، ظهر البغدادي للمرة الأولى في شريط فيديو وزع عبر مواقع إرهابية عدة في مسجد النوري في الموصل وألقى كلمة دعا فيها كل المسلمين إلى مبايعته.
في يوليو (تموز) 2014، فجر تنظيم داعش ضريح النبي يونس. وفي الموصل، تم تدمير العديد من المواقع الأثرية الفائقة الأهمية التي تعود إلى مراحل ما قبل الإسلام. كما تم تخريب متحف المدينة وإحراق مكتبتها. ودُمّرت مواقع عدة تعود إلى الفترة الآشورية وحتى إلى المرحلة الرومانية.
في الثامن من أغسطس (آب) 2014، دخلت الولايات المتحدة مباشرة في القتال ضد تنظيم داعش وباشرت قصف مواقع لتنظيم داعش بناء على طلب الحكومة العراقية. وفي مطلع سبتمبر (أيلول)، وعد الرئيس الأمريكي وقتها، باراك أوباما، بالانتصار على تنظيم داعش عبر إنشاء تحالف دولي واسع.
في الحادي والثلاثين من مارس (آذار) 2015، استعادت القوات العراقية مدينة تكريت في شمال بغداد من داعش. وشاركت ميليشيات الحشد الشعبي المدعومة من إيران في الهجوم، في حين شاركت الولايات المتحدة أيضاً عبر التحالف الدولي في عمليات القصف الجوي.
في الثالث عشر من نوفمبر (تشرين الثاني)، استعادت القوات الكردية مدعومة بقوات التحالف الدولي مدينة سنجار في شمال العراق.
وفي التاسع من فبراير (شباط) 2016، استعادت القوات العراقية مدينة الرمادي عاصمة محافظة الأنبار قبل أن تستعيد مدينة الفلوجة في المحافظة نفسها في السادس والعشرين من يونيو (حزيران).
في الحادي عشر من مايو (أيار) 2016، فجر التنظيم ثلاث سيارات مفخخة أدت إلى مقتل أكثر من تسعين شخصاً في بغداد. وفي الثالث من يوليو (تموز) 2016، قتل أكثر من 320 شخصاً في تفجير انتحاري داخل حي ذات غالبية شيعية في بغداد. وتبنى تنظيم داعش مسؤولية هذا الاعتداء.
استعادة الموصل
في السابع عشر من أكتوبر (تشرين الأول) 2016، شنت القوات العراقية مدعومة من طيران التحالف الدولي هجوماً لاستعادة مدينة الموصل.
وفي العاشر من يوليو (تموز)، أعلن رئيس الحكومة العراقية حيدر العبادي استعادة المدينة والانتصار على تنظيم داعش.
في العشرين من أغسطس (آب) 2017، شنت القوات العراقية هجوماً على مدينة تلعفر في شمال البلاد لاستعادتها.
وفي الحادي والثلاثين من أغسطس (آب)، أعلن العراق استعادة هذه المدينة وكامل محافظة نينوى، في ما شكل انتصاراً أساسياً ضد التنظيم الإرهابي.
في 3 نوفمبر (تشرين الثاني) طردت القوات العراقية تنظيم داعش من القائم (غرب) في محافظة الأنبار. وفي 17 من الشهر نفسه استعادت آخر مدينة قريبة كان لا يزال يسيطر عليها التنظيم على أراضيها وهي راوه.
في 23 نوفمبر (تشرين الثاني) اطلق العراق المعركة الأخيرة ضد الإرهابيين في الصحراء الغربية الشاسعة في البلاد. وفي 27 من الشهر نفسه تم تطهير نصف المنطقة البالغة مساحتها حوالي 29 ألف كلم مربع، بحسب الجيش.
في 8 ديسمبر (كانون الثاني) أطلقت المرحلة الثانية من عملية التطهير والهادفة إلى الربط بين القوات المتواجدة في محافظتي نينوى والأنبار.
في 9 ديسمبر (كانون الأول) أعلن رئيس الوزراء العراقي حيدر العبادي سيطرة قواته "بشكل كامل" على الحدود السورية العراقية، مؤكدا "انتهاء الحرب" ضد تنظيم داعش.
لكن خبراء يشيرون إلى أن بعض الإرهابيين لا يزال يختبئون على طول هذه الحدود وفي الصحراء العراقية الشاسعة.